１、参加者は、協議会が公表するスケジュールに従って手続きを行うこと。

２、参加者は、研修医マッチングに参加するにあたり、附則に示すホームページ運用規定を遵守すること。

３、参加者は、自己のメールアドレス（変更した場合はホームページ上で登録内容の変更をすること）を保有し、あらかじめ各大学に貸与している参加登録用ＩＤ及びパスワードを利用して、ホームページ上で研修医マッチングへの参加登録をすること。
地域医療等に従事する明確な意思をもった学生の選抜枠、いわゆる「地域枠」の入学者である参加者（入学後に奨学金の貸与が決定され従事要件等が課される者も含む。）は、あらかじめ各大学に貸与している地域枠参加者用の登録ＩＤ及びパスワード（以下、地域枠参加者登録用ＩＤ等という。）を利用して、ホームページ上で研修医マッチング参加登録をすること。
なお、過去において地域枠であった者についても、原則、地域枠参加者登録用ＩＤ等で参加登録をすること。
参加登録後、協議会がホームページ上で貸与するユーザＩＤを受け取り、以降これを使って当該年度におけるマッチングシステムを利用すること。

４、参加者は、希望する研修プログラムを有する参加病院が定める選考手続き（応募、面接、試験等）を受けること。
その際に、自己のユーザＩＤを病院に知らせるとともに、当該病院の研修プログラム番号を確認しておくこと。

５、地域枠参加者登録用ＩＤ等で参加登録した者は、研修期間中に指定された地域や病院での従事要件が課されている場合又は過去に従事要件が課せられていた場合は、本システム上で従事要件等を申告するとともに、選考過程において必ず参加病院にその旨を伝えること。

６、地域枠を設けている都道府県は、参加者のうち、地域枠参加者登録用ＩＤ等で参加登録した者の本システム上で申告した地域枠情報（従事要件等）を確認し、誤りがある場合は、当該参加者に確認の上で必要な修正をすることができ、又は協議会へ修正依頼することができる。
その上で、当該申告に係る情報については、参加病院、協議会並びに厚生労働省が閲覧することができる。
参加病院は、従事要件等に関して、得た情報を選考過程での参考情報としてのみ用い、該当する都道府県及び大学に照会する場合がある。 その際、大学への照会は都道府県を経由して行う。

７、地域枠参加者登録用ＩＤ等で参加登録した者のマッチング結果については、協議会が都道府県、大学及び厚生労働省に対して情報提供をする。

８、参加者は、自己の作成する希望順位表の順位について、参加病院と話し合いをしないこと。

９、参加者は、中間公表の前日までに研修を希望する研修プログラムを記載した希望順位表を作成し、ホームページ上で協議会に提出することが望ましい。ただし、希望順位表に記載できる研修プログラムは、研修プログラムの定める選考手続きを完了したものであること。

10、参加者は、希望順位表の登録・追加・修正を最終締切までに完了すること。

11、参加者は、協議会が実施するコンピュータ・マッチング終了後、協議会が研修医マッチングの結果を見ることができる旨をホームページ上で表示した後、各自のユーザＩＤ、パスワードを用いてログインし、各自の組み合わせ結果を確認すること。
その際、組み合わせが決定しなかった参加者は、空席情報を参考にして空席のある病院の選考を受けることができる。

12、参加者は、組み合わせが決定した際には、速やかに当該プログラムを有する参加病院で研修する旨の仮契約を当該病院と結ぶこと。組み合わせが決定した場合には、原則として当該病院以外の病院と仮契約することはできない。

13、協議会は、参加者から費用を徴収しない。

14、協議会は、臨床研修を行う病院から当該病院が採用しようとしている参加者について、研修医マッチングの結果の照会があった場合には、当該病院に対して、当該参加者の組み合わせが決定しているか否かについて知らせる。

15、協議会は、参加者が登録用ＩＤ、パスワードまたは個人のユーザＩＤを他人に譲渡する等の本規約および附則のホームページ運用規定に違反する行為をした場合には、当該参加者の参加を取り消すことができる。また、その場合、当該参加者について、一定期間研修医マッチングへの参加登録を行えない。

16、参加者は、特段の理由（退学等の理由により協議会が承認したもの）なく、研修医マッチングで組み合わせが決定した研修プログラムを有する参加病院と仮契約を結ばなかった場合には、一定期間、研修医マッチングへの参加登録が行えず、参加者支援事業も利用できない。また、当該参加者に研修を受けることを認めた病院は、一定期間、マッチングへの参加登録を行えない場合がある。

17、参加者は、協議会の実施する参加者支援事業（各種相談、講習会の開催等）を利用できる。

18、協議会は、参加者が参加者支援事業をより利用しやすくするために、参加者が同意した場合には、日本医師会及び参加者の出身大学に、マッチングが成立した者の氏名・連絡先及び組み合わせが決定した病院名及びマッチングが成立しなかった者については氏名・連絡先を通知する。

19、研修医マッチングにおいては、参加者と参加病院双方の希望順位に基づいて組み合わせを決定するため、必ずしも希望順位表の上位に記載した研修プログラムと組み合わせが決定するとは限らず、また、組み合わせが決定しないこともあり得る。

20、臨床研修病院の指定申請を行っている病院の研修プログラムについては、当該研修プログラムとマッチングが成立した場合であっても、当該病院が指定されなかった場合にはマッチングが成立しなかった取り扱いとなる。

21、研修医マッチング全体の結果については、個人情報が判明しない状態で集計して公表し、学術研究目的の活用に提供することがある。 ただし、学術研究目的の活用への提供に同意しない場合は、希望順位登録受付期間にその旨を協議会に申し出ることができる。

22、コンピュータマッチングの結果、アンマッチで2次募集においても研修病院が決まらなかった参加者は翌年4月1日から始まるマッチングに改めて参加登録が必要である。マッチした参加者については研修期間中は参加者支援事業を受けることができる。

23、マッチング事業を適正に遂行するにあたって、必要があると判断した場合は、協議会から大学等に参加者のマッチング参加資格について確認する場合がある。